Toon Boom'da olabilir. Spine ya da benzeri bir program da olabilir. Spine'da yapıldığını varsayarsak. Karakterin parçalarını katmanlar halinde Photoshop'ta çizip json dosyası olarak export ediyosun. Daha sonra Spine'a aktardığında photoshopta çizdiğin haliyle, katmanlar halinde geliyor ve kemiklendiriyorsun. bu linkten inceleyebilirsin
https://github.com/EsotericSoftware/spine-scripts/tree/master/photoshop (Bu işlemi karakterin parçalarını ayrı ayrı png olarak kaydedip.Sonra Spine'a aktarıp da yapabilirsin. Ama photoshop'da çizmişsen bu yöntem daha pratik.)
Program bir çok oyun motorunu destekliyor. Yaptığın animasyonları bir json dosyası ve bir de atlas olarak export edebiliyosun. Sprite olarakda export edebilirsin.